南京紫金醫院是由第二軍醫大學南京軍醫學院(原海軍醫學高等?？茖W院)航潛教研室、高壓氧實驗室組合成立的腦血管病康復中心(1987)發展而來，1993年經南京市衛生局批準更名為“南京紫金醫院”。醫院現為**康復醫院。
   醫院建院三十余年來，主要從事腦復蘇、脊髓損傷和各種缺血缺氧引起疾病的研究和治療康復工作。醫院現為國家自然科學基金重點**合作項目《關于意識障礙臨床證據的后部皮層意識相關性研究》臨床基地，連續3次評為南京市康復重點?？?，是多家醫學高等院校的實習基地。
   醫院目前在南京秦淮區、江寧區各設一個院區，共設計床位300余張，擁有兩個重癥監護室合計近30張床位，開放兩臺大型多人高壓氧艙和3臺單人氧艙。
   醫院堅持將學術研究放在發展的關鍵位置，于1996年首次組織國內**制訂了中國·南京持續植物狀態診斷評分量表，后又兩次發起修訂，使該評分標準被廣泛應用于植物狀態患者的臨床治療。醫院還連續承辦多次腦復蘇與康復高峰論壇、高壓氧醫學學術會議，參與編寫出版了《昏迷與植物狀態診斷治療學》等多部專著。
   醫院于2002年被納入南京市醫保定點單位，是南京市首批納入醫保的民營醫院之一。醫院與江蘇省人民醫院康復醫學科、南京鼓樓醫院神經外科、杭州師范大學**植物狀態和意識科學研究所等建立學術科研合作關系；與南京腦科醫院、南醫大附屬逸夫醫院等醫療機構組成醫聯體，方便患者雙向轉診。